Marquers SAGE de Arabidopsis

Objectifs

Transcriptions conceptuelles

Vous trouverez ici les fichiers au format FASTA représentant les produits des transcriptions des gènes et des pseudogènes des génomes nucléaire et de l’organite de A. thaliana. Le séquençage relatif aux produits des transcriptions nucléaires a été extrait de la base de données d’annotations TIGR de Arabidopsis thaliana, version 4. Ces séquences englobent à la fois les régions exoniques et les régions non traduites. Les séquences découlant des produits des transcriptions mitochondriales ont été tirées de Y08501 et de Y08502, et les séquences relatives aux produits des transcriptions chloroplastiques ont été extraites de "NC_000932.

Les produits des transcriptions nucléaires ont été divisés en deux ensembles, en fonction de la source de la séquence de région non traduite. Sont inclus dans l’ensemble de régions non traduites définies les produits des transcriptions pour lesquels on trouve annotée, dans la base de donnée TIGR, la longueur des régions non traduites. Tous les autres produits de transcriptions s’accompagnent de régions non traduites auxquelles a été ajoutée une longueur par défaut, et ils ont été inclus dans l’ensemble des régions non traduites virtuelles. La longueur par défaut est de 350 bp pour les régions non traduites en 5' et de 500 bp pour celles en 3', sauf dans les cas où une troncation était nécessaire pour éviter un chevauchement entre les produits de transcriptions adjacents.

Séquences des régions non traduites définies
Séquences des régions non traduites virtuelles
Séquence des pseudogènes
Séquences des mitochondries
Séquences des chloroplastes

Cartographie par marquage

Les données relatives à la cartographie par marquage sont fournies sous forme de fichiers délimités par un onglet et présentés comme suit :

Séquence des marqueurs      Fréquence des marqueurs      Occ. no 1    ...    Occ. no n

Corrélations sens canoniques
Corrélations sens non-canoniques
Corrélations sens intronique
Corrélations sens intergènique
Corrélations anti-sens gènique
Corrélations anti-sens intronique
Corrélations anti-sens intergènique
Descriptions des gènes

SaskSAGE @ Sourceforge

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