Visualisateur comparatif des génomes de Brassica et Arabidopsis d'AAC

À l'heure actuelle, la principale application du Visualisateur comparatif des génomes de Brassica et Arabidopsis (ci-après appelé visualisateur) est de permettre la visualisation des EST de B. napus d'AAC (séquences 3' et 5' de 60 000 ADNc) et de les comparer aux séquences du génome d'Arabidopsis avec les annotations TIGR.

Les séquences du génome de Arabidopsis thaliana proviennent du site Web de l'Institute for Genomic Research, à l'adresse http://www.tigr.org. Le séquençage du génome de Arabidopsis thaliana a été effectué avec l'aide de l'Arabidopsis Genome Initiative. Nous utilisons actuellement les données de la version 3.0.

Le visualisateur permet de visualiser les séquences de l'ADN de Brassica en fonction des séquences homologues du génome de Arabidopsis. Cette visualisation confère des données contextuelles aux séquences de B. napus: cartographie physique provisoire par colinéarité; accès aux annotations de gènes de Arabidopsis, et regroupement de membres apparentés de familles multigéniques de Brassica.

• Visualisateur comparatif des génomes de Brassica et Arabidopsis
  Nota: Le Visualisateur comparatif des génomes de Brassica et Arabidopsis nécessite le programme complémentaire Adobe SVG. Si vous ne l'avez pas déjà, vous pouvez le télécharger en cliquant ici.
• Guide d'utilisation - PDF

Pour visualiser les relations entre les EST de B. napus et le génome de Arabidopsis à l'aide du Visualisateur comparatif des génomes de Brassica et Arabidopsis d'AAC, nous avons déterminé les régions de similitude entre les EST et les séquences d'ADN des pseudochromosomes de Arabidopsis à l'aide du logiciel BLAST. Ces données ont été versées dans une base de données MySQL, permettant ainsi à l'utilisateur de voir toutes les EST présentant des similitudes avec toute portion du génome de Arabidopsis. L'utilisateur peut voir l'alignement des EST avec les gènes de Arabidopsis, chercher un gène ou une EST en particulier, avoir accès aux annotations des gènes et repérer des gènes redondants chez Arabidopsis. Le visualisateur nous permet d'afficher efficacement les similitudes entre un grand nombre d'EST et une région importante du génome de Arabidopsis.

Le visualisateur est muni d'une interface graphique personnalisée (CGUI), implantée à l'aide de SVG et de Javascript, qui constitue l'élément frontal (client) du visualisateur. Cette interface devrait faciliter le développement de visualisateurs Web pour d'autres génomes, et notamment pour l'analyse comparative de génomes modèles avec le génome d'organismes apparentés.