Détails sur le visualisateur comparatif des génomes de Brassica et Arabidopsis

Il existe plusieurs visualisateurs de génomes, et si tous sont des outils très utiles et informatifs, ils présentent deux grands inconvénients : un rechargement de pages qui nuit à la consultation et un affichage statique. Le Visualisateur des génomes de Brassica et Arabidopsis mis au point par le Centre de recherches de Saskatoon d'AAC élimine ces deux inconvénients grâce au programme complémentaire SVG. Toutes les données sont cadrées et converties du côté client, si bien qu'elles ne sont pas rechargées chaque fois que l'utilisateur veut changer de vue. Avec cette transformation du côté client, la visualisation est beaucoup plus aisée.

BioViz a été implanté au moyen d'un format à " fenêtres multiples " qui donne plus de marge de man.uvre à l'utilisateur pour ce qui est de la présentation des données. Avec la méthodologie client serveur utilisée pour l'implanter, l'élément client s'occupe de la présentation des données, l'élément serveur se chargeant de l'extraction des données demandées par le client. Grâce aux méthodes postURL et parseXML d'Adobe, l'extraction des données se fait de façon asynchrone, ce qui permet à l'utilisateur de demander plusieurs informations supplémentaires tout en continuant de travailler pendant que les données sont chargées. La visualisation s'en trouve considérablement accélérée, surtout si le réseau est lent.

Implantation du BioViz

L'élément serveur du visualisateur est constitué d'un ensemble d'interfaces CGI Perl qui sont appelées à la demande du client par une instruction postURL. Ces scripts génèrent la collecte des données depuis la source voulue et leur conversion en SVG pour les fins d'affichage dans l'élément client. Parmi les sources possibles figurent des fichiers XML, des fichiers non hiérarchiques, des bases de données MySQL et des rapports générés de façon dynamique. Les données SVG provenant du serveur sont transmises à l'interface GUI par l'instruction parseXML du programme complémentaire Adobe SVG.

La partie client de l'application est munie d'une interface graphique personnalisée (CGUI) qui renferme les éléments de base utilisés par le visualisateur. Les éléments constitutifs de cette interface ont été obtenus facilement à l'aide d'objets Javascript. Le progiciel BioViz inclut les extensions propres à BioViz.

Pour en savoir plus

• Visualisateur de génomes BioViz - SVG Open - 2002
• La source de l'interface se trouve ici.

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